Berdasarkan Peraturan Kepala Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika Nomor 15 tahun 2014 tentang Organisasi dan tata Kerja Balai Besar Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika, Stasiun Meteorologi, Stasiun Klimatologi, dan Stasiun Geofisika,
Stasiun Klimatologi Deli Serdang termasuk dalam Stasiun Klimatologi Kelas I.
Berikut ini merupakan struktur organisasi untuk stasiun klimatologi kelas I.